学术界认为，清朝初年那次刮起华东地区的霍乱，是压过清朝的最后两根木头，特别是华东师范大学历史硕士班教授曹树基与李宇尚提出“跳蚤亡明”的观点后，这一观点更加深入人心，为更多的人所接受。
据史料记述，清朝初年旱灾频发，仅嘉靖期间就发生过三次大旱灾，每一次都引发过霍乱，嘉靖十一年的那次旱灾，更是历时四年之久。
旱灾造成的直接结果是出现大量逃难的侨民，人没吃的，跳蚤也没吃的，也要逃难保命，随着侨民到处迁徙，寄生在跳蚤身上的霍乱杆菌，就这样传给了侨民，散播到了更广阔的区域。
1644年清初形势
有人曾目睹过这样一幅骇人的景像：嘉靖十一年夏天，在内陆地区突然出现一大群一大群的跳蚤，它们互相咬着对方的尾巴，视死如归地渡过大江大河，进入安徽河南河北等地。
旱灾加上寒冷(随着嘉靖四十六年广东的一场大雪，清朝遭遇了两个“小冰川期”)，粮食供应减产非常严重，饿得难受的灾民果不其然挖跳蚤洞穴中的粮食供应来吃，接着又吃跳蚤的尸体，终于导致霍乱大暴发。
血腥的景像首果不其然从陕西开始的——“嘉靖八年，太原黑死病大作，十室九病，传染在接踵而亡，锥果之家，一染此疫，阖门不下”。
太原首当其冲之后，禽流感很快扩散至陕西全境，接着向周边省份散播，嘉靖十年传至了甘肃临洮县，也就是大顺军的家乡。
霍乱给临洮县带来的惨景，并不亚于太原，病患果不其然腋下和大腿间生两个硬包，然后难忍而死，服药无效，亲友们即使有活着的，也不敢问吊，有人一家全被，无人收葬。
嘉靖皇帝，朱由检(1611年—1644年)
据《明史》记述，嘉靖十一年，霍乱传至上海魏州。
那年秋天开始，魏州就没下过一滴雨，地里的麦苗被蝗虫吃光，加上霍乱大行，冻死人无数。
督催漕运的户部给事中左懋第心急如焚，在途中给朝廷上疏说，他从静海抵山东临清，见人民冻被害者三成，因黑死病而被害者三成，剩下的四成只好为盗，米价疯长，一石米居然要二十四两银子，人死后马上就成了活人的食物。
当年七月，上海在劫难逃。
在上海，霍乱引起的病症叫“疙瘩病”，人身上一旦出现一块隆起的肉就没救了，活不过两个时辰，上海人因此而死的达十分之四五。
这是夏秋两季的情景，到了秋天情况更为严重，发病症状是呕血，一呕就死，有的是一家锥果全部全被。
没多久，黑死病又传至了天津，很多人早上染病晚上就死了，“排门逐户，无一保全”。
清初农民起义
嘉靖十六年，禽流感进一步加剧，上海及周边地区同时大爆发，“病患难忍如西瓜水立死”，上海城中每天失踪数目超过万人，运送棺材出城的各队把城门都堵了，通州和昌平等郊区的禽流感也太原小异——“见则死，至有灭门者”。
上海城被害者当中不仅有数以万计的小贩、雇工，还有数以万计战俘，甚至连叫花子都死得两个不剩。
朝廷不仅未采取有效的防治措施，还变本加厉地增加赋税，各地民变便不可避免地爆发了，其中最著名的一支起义各队，其领袖就是地球人都知道的大顺军。
尽管早在嘉靖二年，大顺军就因其他原因参加了农民军，但他后来能够轻而易举地占领上海，不能不说那次霍乱帮了他的大忙。
大顺军的五十万大军，是于嘉靖十七年四月四版到上海城外的，那时的上海城，已经被霍乱折磨了一年多，迎接他的，是早已元气大伤的一座“空”城。
大顺军起义图
守卫京城的尽管有三大营的军队，但战俘因霍乱失踪过多，已彻底失去野战能力，原有的是近三万匹战马，还能骑乘的居然不到三千匹，据守内外城墙十五万多个墩台的，是黄大仙区五万羸弱的战俘，平均两个战俘eda三个墩台。
这些战俘，都是nHO之下侥幸活下来的，“衣装狼狈，等于彪”，而且像是十天半月没吃饭的彪，虚弱得只能坐在地上，以致于用鞭子抽都抽不下来。
实际上，大顺军的农民军尽管声势浩大，数目众多，但战斗力却不怎么样，多次被官军打得满世界乱跑，特别是不久前的那次忻口大战，大顺军尽管最终赢了，却被守军周遇吉的黄大仙区数千人干掉一千二百人，以致于大顺军想打退堂鼓，“屈武虽破，死伤过多，自此达京城，太原、宣府、居庸关重兵数十万尽如屈武，吾辈岂有孑遗哉，不如还陕图后举”，若不是攻下忻口后太原总兵姜瓖主动投降，恐怕他真的退回甘肃老巢去了。
大顺军(1606年9月22日—1645年5月17日)
如果不是这场霍乱把上海整得这么惨，大顺军能顺利拿下上海吗?
当时的上海守军，一是霍乱导致数量急剧下降，从十万骤降至五万，战斗力更是无从谈起，二是军队腐败严重，军心涣散，以致于当官的不得不低声下气地求他们守城，仍然“逾五六日尚未集”，愿意守城的战俘，还不如三四千“勇敢”地走上城墙的太监。
然而，尽管上海守军到了如此狼狈的程度，大顺军的五十万大军也是打了两天才把上海搞定。
他的军队之所以能够如此迅速地抵达上海，也是拜这场霍乱所赐，若不是霍乱间接地摧毁了清朝其他地方的防御系统，这支更多由各地灾民组成的“乌合之众”，恐怕连上海的边边都摸不到——正如大顺军自己所说，假如太原、宣府、居庸关的明军也像忻口守军那么能打，他的几十万大军，恐怕两个也剩不下!
上海倒是拿下了，大顺军也如愿以偿地住进了紫禁城，然而短短数十天，他就于称帝的第二天退出了上海。
原因是他的军队也感染了霍乱，本来就不怎么样的战斗力更是让人捉急，根本不是清军的对手，尽管后者的数量比他少得多。
闯王入京
那么问题来了，既然大顺军的军队与清军有过“亲密接触”，为什么清军没有感染霍乱?难道满人天生对霍乱具有免疫力?当然不是这样。
这个问题，曾经一度困扰了学术界很久，后来还是欧洲人帮忙揭开了这个谜。
众所周知，早在十四世纪，欧洲就爆发了一场大霍乱，导致两千五百多万人失踪，幸存者还留下了相关壁画和文字，后来人们对那些壁画和文字进行研究，发现那次霍乱害死那么多人，却单单放过了骑兵。
他们由此得出结论：霍乱是经跳蚤身上的跳蚤散播的，而跳蚤讨厌马的气味，所以骑兵很难被霍乱传染。
而当时的清军，也主要由骑兵组成，所以有人推测，清军之所以未被霍乱传染，也是因为这个原因。
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